工业化革命以来，人类对自然的破坏达到了空前的程度，严重改变了地球的环境，引起了地球历史上第六次物种大灭绝。主要原因是人类侵占了几乎所有其它物种的栖息地，将土地转换为耕地、道路和城市。
垂直城市大幅提高土地使用率，城市、道路、公园占用的土地减少。农业的进一步现代化，也可以减少耕地面积。节约出来的土地都可以回归自然。
机动车的减少可以减少空气污染，减小冶金、采矿、石油化工、交通运输等产业规模，这些都可以降低污染，减少土地侵占。
垂直城市不需要冬季取暖，对煤炭、天然气等取暖能源的需求大幅下降，同样也大幅降低了二氧化碳及其它污染物的排放。煤炭、天然气等资源开采和运输量的大幅下降，本身也极大地保护了环境。
垂直城市的目的之一，就是建造完全人为可控的、优化的人类生活环境。该环境独立于自然环境，对自然环境的影响自然大幅降低。自然就可以回归自然。因此垂直城市时代，人的生存环境与自然是隔开的，人类日常生活不会影响自然，自然环境可以得到很好保护。这种保护是自然的，不需要刻意倡导。
人类直接在“自然”的环境中生活，需要做很多刻意改变自然的事情，比如赶走大型野生动物，捕杀毒蛇白蚁，排放生活废水，照明和取暖改变自然环境，对野生动物有害的垃圾如塑料袋等会被动物啄食，机动车危害野生动物，等等。所以，隔绝人与野生动植物的生存环境是对自然最好的保护。
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